El ataque a El Callao y la independencia peruana.

Después de que San Martín recibiera proposiciones de paz de parte del virrey Pezuela y permanecer casi dos meses en la localidad de Pisco, hizo reembarcar a las tropas dirigiéndose hacia el norte con el objeto de asediar el puerto de Ancón; mientras el resto de la escuadra debía mantener constante asedio sobre el Callao.

En el Callao, defendido por poderosas fortificaciones, se distinguió nuevamente Lord Cochrane y la Marina Chilena ya que en arriesgada como sorpresiva acción capturaron la fragata Esmeralda sacándola de la bahía el 6 de noviembre de 1820.

Después de producida esta situación el desembarco en el Perú se realizó sin mayores contratiempos ocupando Lima el 28 de julio de 1821 enarbolando la actual bandera peruana declarando San Martín la independencia de ese país.

Dadas las circunstancias anotadas los generales españoles deponen de su cargo al virrey Pezuela siendo reemplazado por De la Serna, con el que San Martín intenta algunas negociaciones que no fructificaron por que habiendo ocupado Lima convoca un Cabildo Abierto el que acordó declarar la Independencia del Perú el 28 de julio de 1821. San Martín recibió el título de "Protector del Perú", acumulando en su persona todo el poder del gobierno.

Sin embargo, las acciones bélicas continuaron desde la Sierra donde se había instituido un ejército de unos 1.500 soldados.

Mientras tanto el poder de San Martín se había debilitado a causa de su enfermedad, por el dominio que ejercía la Logia Lautarina y por la ruptura con Lord Cochrane, el que resolvió volver a Chile con la escuadra siendo recibido en Valparaíso como un verdadero héroe.

Ante esto San Martín sostiene una entrevista con Simón Bolívar en Guayaquil, de la que no se acordó nada positivo, retirándose posteriormente San Martín de Perú, trasladándose a Chile, pasando a Argentina y dirigiéndose luego a Francia donde murió el 17 de agosto de 1850.